中医认为婴儿胎热瘀血滞结或胎前孕母积热致胞热，生后受风邪缠绵于大肠或肛门湿寒气凝，怒叫气结聚于下而成痈肿，破溃成瘘。
现代医学认为：
(1) 小儿骶骨曲尚未形成，两侧坐骨结节距离较近，加之肛门内括约肌紧张度较弱，因此粪便易直接压迫肛管处齿线，肛窦粘膜擦破，易使细菌侵入致病;女孩因直肠前面有子宫，压迫直肠，与成人直肠屈曲相似。故发病低于男孩。
(2) 小儿常因尿布皮炎，刺激肛门周围皮肤，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛门周围皮下脓肿与肛窦相通，而成肛瘘。 (3) 新生儿，尤其是男孩受母体激素失调的影响，使皮脂腺分泌亢进，引起肛门皮脂腺炎。感染形成肛周皮下脓肿与肛窦相通，而致肛瘘。
(4) 近年来，有人认为新生儿生理性缺乏免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)等，免疫机能不全，因此易发生肛门感染，形成肛瘘。
预防肛瘘就要先了解肛瘘产生的最根本的原因，其原因就是肛周脓肿造成的，在肛周脓肿破溃或者不适当的切开后不能够愈合，从而形成了肛瘘，形成肛瘘主要原因有以下几点：①肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。②瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。③直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。④肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。⑤瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。⑥肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。⑦结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
所以预防肛瘘的关键就在于发现了引起肛瘘的因素的时候要及时的采取正确的治疗措施，以免引发肛瘘等严重的疾病。肛瘘的发生与肛周脓肿有关，多发于中青年男性。为什么男性易得肛瘘呢?这跟影响肛瘘发生的因素性激素有关。
肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克隆病，溃疡性结肠炎更少见。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男青年较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛管导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低。人到老年，与其他皮脂腺普通萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。因此，男性应特别警惕预防肛瘘的发生，平时要注意预防肛周脓肿及肛瘘的方法，避免肛瘘的发生。
