中医学认为，肛瘘的形成与以下几个方面有关：(1)外感六淫之邪所致：如《河间六书》云：“盖以风、热、燥、火、湿邪所致，故令肛门肿满，结如梅核，甚至乃变而为瘘也。”《本草纲目》云：“漏属虚与湿热。”均明确认识到肛瘘与风、热、燥、火、湿邪侵袭人体有关。(2)痔疮久而不愈：《诸病源候论》云：“痔久不瘥，变为瘘也”。(3)饮食肥甘厚味，恣酒，忧思，便秘，房劳过度：《千金方》云：“肛门主肺，肺热应肛门，热则闭塞，大行不通，肿缩生疮”。《丹溪心法》曰：“人唯坐卧湿地，醉饱房劳，生冷停寒，酒面积热，以致荣血失道，渗入大肠，此肠内脏毒之所由作也。”而《外科正宗》云：“夫脏毒者，醇酒厚味，勤劳辛苦，蕴毒流注肛门结成肿块。”(4)其他原因：《薛氏医案》云：“臀，膀胱经部分也。居小腹之后，此阴中之阴，其道远，其位僻，虽太阳多血，气运难及，血亦罕到，中年后尤虑此患。”据此，认为肛瘘与局部气血运行不足有关。对于病变过程，《内经》认为是因：“营气不足，逆于肉理，乃生痈肿。”《千金翼方》则明确指出瘘是痈疽的后遗疾患，云：“一切痈疽，皆是疮瘘根本所患。痈之后脓汁不止，得冷即是鼠瘘”。
肛瘘虽然表现为局部病变，但也与全身情况或某些疾病相联系，绝不能忽视全身检查。活动性肺结核患者发生肛瘘，往往为结核性肛瘘，且术后创口愈合较慢;骶髂骨结核患者发生的肛瘘，有可能是骨结核所引起的;非特异性溃疡性结肠炎，有时也因并发肛门脓肿，破溃后形成肛瘘等。对复杂性肛瘘更应注意全身检查，必要时作细菌培养和抗生素敏感试验，并注意血沉、血象变化。或进行肛门括约肌功能测定。对某些可疑病例，还应作活组织病理检查，以确定肛瘘的性质，并要特别观察有无癌变。
确定瘘道主体与支体的变化，在肛瘘检查中，不能单纯从内口的数目，或瘘管是直的还是弯曲的，或者从病变的一个平面上了解病变的全貌;有时从肛门外部看，仅一个外口，症状也不明显，但可能是瘘管很深，内口寻求比较困难的复杂性肛瘘;有时瘘外口较多，肛门皮肤病变较大，但其主管很低，属于容易处理的简单肛瘘。因此对肛痿的诊断要具体细致。
