肛瘘可以分以下几类：
以外括约肛深部划线为标志，瘘道经过此线以上为高位。此线以下为低位。只有一个外口和一条瘘管的为简单性肛瘘，两个以上外口或瘘管的为复杂性肛瘘。
①低位单纯性肛瘘，只有一个瘘管，并通过外括约肛深部以下，内口在肛窦。
②低位复杂性肛瘘：瘘管在外约肌深部以下，外口和瘘道有两个以上者，内口在肛窦。
③高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘道，瘘管穿过括约肌深部以上，内口位于肛窦。
④高位复杂性肛瘘：有两个以上外口，瘘管有分支，其主道通过外括约肌深部以上，有一个或两个以上内口。
⑤直肠前庭瘘：外口位于女性的前庭，内口在肛窦或直肠壁。
⑥结核性肛瘘，其特征为发病缓慢，初起时症状轻微，无明显疼痛，破溃后流出清稀或白色米泔样脓液。形成的外口不整齐，外口呈潜行性腔洞，管壁软，肉芽多呈苍白水肿。
⑦肛瘘癌变：肛瘘久治不愈可发生癌变，瘘管软硬，并向周围浸润形成较大硬结，疼痛明显，通过病理可最后确诊。
