应根据不同阶段给予相应的治疗：
第一阶段(瘘发生后7～10日)患者处于瘘口尚未稳定期与感染的初期，腹腔内感染严重，局部炎症水肿，如手术修补肠瘘口往往失败，而且会导致感染扩散;应该给患者禁食，胃肠减压，并给予是胃肠外营养纠正一般情况;给予抗生素，彻底引流腹腔感染灶，并将肠内容物彻底引流出腹腔(伤口暴露及时清除或插管引流)。
第二阶段(10～30日) 经过第一阶段处理，患者逐渐恢复，瘘口经过引流或处理已成为“被控制”的瘘，感染仍很严重或继续发展扩散时应积极控制感染加强营养。尤其是全静脉营养是必要的手段，以供给热量与氮源。
第三阶段(1～3月)经1～2阶段处理，效果较好的瘘口已愈合或稳定，因肠瘘较低对营养的影响不大，但瘘口不愈合时，应及时了解不愈合的因素，常见的原因：
①瘘口远端梗阻;②瘘管的组织已上皮化;③结肠粘膜与腹壁愈合，使瘘口呈唇状;④瘘口部有异物存在;⑤瘘口附近有脓肿引流不畅;⑥特殊感染或肿瘤存在。
这段时间重点是寻找瘘口不愈合的原因，控制腹腔内感染，尤其是肠壁间隙脓肿，高度怀疑时应及时剖腹探查引流脓肿。当然B型超声能检查证实时，可在其引导下行穿刺抽脓，注入抗生素，以解除手术中腹腔广泛粘连，易损伤肠管的顾虑。
第四阶段 肠瘘未愈合的患者，腹腔感染控制，瘘口局部情况好，可考虑择期手术，清除病因，以关闭瘘口。如瘘口远端梗阻应解除后再修补瘘口;单纯唇状瘘，或管状瘘，可将瘘翻向肠腔而不要过多的探查腹腔，当然吻合局部因特殊感染或肿瘤存在时，应将病变切除吻合。
